Putins russiske styre (1999-2022)Efter den første tjetjenske krig fortsatte de tjetjenske terrorangreb på russisk jord i større eller mindre målestok. Disse angreb bevirkede, at Rusland mobiliserede og indledte den anden tjetjenske krig. Indenrigspolitisk skiftede magten fra Boris Jeltsin til Vladimir Putin – en tidligere chef for den russiske efterretningstjeneste (FSB). Putin udnyttede frustrationerne i Rusland over terrorangrebene i sin vej til magten. Det bør bemærkes, at der er tvivl om, hvorvidt terroren alene kan tilskrives tjetjenske krigere, eller om der også var andre aktører. Der er et enkelt dokumenteret eksempel på, at et par FSB-folk er blevet pågrebet med sprængstoffer.
Den anden tjetjenske krig fulgte nogenlunde det samme mønster som den første – dog var den russiske indsats mere dedikeret end under den første krig. Resultatet var en russisk overlegenhed, og derfor blev de tjetjenske oprørere nedkæmpet. Dette betød dog ikke, at den tjetjenske befolkning ophørte med at yde russerne modstand. Krigen fortsatte som en guerillakrig samtidigt med at terroren fortsatte. Rusland havde dog så meget kontrol over landet, at der kunne indsættes en ny ledelse. Den udpegede leder (Ahmed Khadyrov) var den samme, som tidligere havde kaldt til hellig krig imod det russiske styre. Efter angrebet på World Trade Center i 2001 vurderede Putin, at der var tale om den samme form for terrorisme i Rusland, som USA var blevet ramt af. Derved blev Rusland og USA allierede i kampen imod international terrorisme. Khadyrov blev dog dræbt i et attentat i 2004 begået af den tjetjenske modstandsbevægelse, hvorefter hans søn overtog magten. Den tjetjenske terror fortsatte i nogle år, men døde dog ud i 2008.