Efter angrebet på World Trade Center i 2001 var et af USAs første modsvar et angreb i Afghanistan for at tilintetgøre al-Qaeda – som de mente stod bag terroraktionen. Da krigen startede var målet begrænset til at ville udslette terrororganisationen bag angrebet. USAs krigsførelse bestod dels i luftangreb og senere landsætning af tropper. Det militære tyngdepunkt var hovedstaden Kabul, fordi byen var centrum for regeringen. Historisk set havde landet været svært at få kontrol over, fordi det var bjergrigt og beboet af stammer, der havde haft lokal kontrol med dele af landet.
Da USA led forholdsvis store tab af soldater i krigshandlingerne, ændredes deres mål fra at ville eliminere terrorgruppen til at ville genopbygge Afghanistan, . Målet med genopbygningen var at etablere et vestligt demokratisk styre efter krigshandlingernes ophør. Dog under amerikansk militærisk kontrol. I debatten om international politik efter murens fald havde dette fået en generel betegnelse: Nation Building, et begreb, der også blev benyttet i denne sammenhæng.
Efter angrebet i september 2001 stillede en række vestlige lande sig solidarisk med USA, hvilket indebar at landene også engagerede sig i den militære operation i Afghanistan. Blandt disse lande var Danmark og Storbritannien, som udstationerede tropper i landet og overtog administrationen af nogle af provinserne i landet.
De to mål som USA satte sig for krigen viste sig rigtigt svære at nå, hvilket førte til, at det blev USAs længste krig i landets historie. En forklaring på den lange krig var, at det militært var rigtigt svært at eliminere en organisation som al-Queda, da det var en krig, der skulle udkæmpes imod en guerillahær – i modsætning til mere konventionelle krige hvor to regulære hære står over for hinanden. En guerillahær er karakteriseret ved at kunne forsvinde ind i civilbefolkningen, således var der en udpræget risiko for at de udsendte militære styrker både ramte guerillakrigerne og civile. Derved skabtes en ond cirkel, hvor de konventionelle tropper forsøgte at ramme guerillakrigerne, men også ramte civile, hvilket skabte sympatisører, der senere kunne blive aktive terrorister.
USAs mål med Nation Building var på mange måder lige så svært at opnå, som bekæmpelsen af terror var. Grunden hertil var, at det krævede mange ressourcer, især økonomisk, og at der opbyggedes en civil infrastruktur. Disse investeringer strakte sig over årtier. Der var tale om en generation af både militære og civile rådgiveres tilstedeværelse i landet: den enkelte medarbejder rejste ud som ung og vendte tilbage som pensionist. Der var dog ingen garanti for, at denne investering lykkedes. Det krævede et samarbejde fra den lokale befolkning og de lokale myndigheder.
Det kunne konstateres, at dette projekt ikke lykkedes for USA i Afghanistan. Dette skyldtes, at USAs indsats var svingende. Det gjorde det heller ikke lettere, at Afghanistan var et vanskeligt land at operere i. USA kom til at stå over for de samme problemer, som Sovjetunionen var konfronteret med i invasionen efter 1979 – dog uden de store tabstal Sovjet havde haft.
Afslutningen på krigen i 2021 var en amerikansk tilbagetrækning, som endte i et stort kaos. Uger efter afslutningen var den tidligere ledelse tilbage ved magten; en ekstrem konservativ muslimsk fraktion overtog magten.