Baggrunden for Cuba-krisen kan findes i Fidel Castros magtovertagelse i 1959 fra et borgerligt godsejerstyre til et kommunistisk styre. Efterfølgende nationaliserede han jorden, amerikanske firmaer og ejendom på øen. Dette førte til, at USA indførte en handelsblokade af øen i et forsøg på at vælte Castro-styret. Cuba blev på den måde tvunget til at finde andre handelspartnere for den altafgørende eksportvare: sukker. Castro henvendte sig derfor til Sovjetunionen, både for at skaffe sig en ny handelspartner og en sikkerhedsgaranti.
Dette resulterede i en aftale om at etablere militære baser på Cuba. Et arbejde, der påbegyndtes i oktober 1962. Dette opdagede USA 12. oktober, hvilket ledte til en intensivering af handelsblokaden i et forsøg på at stoppe atomvåbnene i at nå øen. Sovjetiske skibe havde kurs mod Cuba med militært materiel – inklusive atomvåben. Konsekvensen af dette ville være at sovjetiske våben ville kunne ramme centrale dele af USA, hvorved Sovjetunionen havde skaffet sig en vigtig strategisk fordel. Dette var uacceptabelt for USA, hvorfor de forberedte sig på et præventivt militært angreb på baserne. Den 22. oktober holdt den amerikanske præsident, J. F. Kennedy en tale, hvor han tydeliggjorde denne trussel. Dette ledte til en stigende konflikt mellem de to supermagter. Verden var i realiteten på kanten af en atomkrig.
Sovjetunionen bøjede af og Khrustjov gav ordre til at skibene skulle vende om og søge russisk havn efter en 13 dage lang krise, hvor verden holdt vejret!