Jugoslavien var en multinational stat, hvor der var store forskelle på den økonomiske udvikling mellem de forskellige delstater. Landet bestod af Slovenien, Kroatien, Bosnien-Hercegovina, Serbien, Montenegro og Makedonien. Herudover var Kosova og Vojvodina autonome provinser under den jugoslaviske stat.
Tito havde holdt Jugoslavien sammen i omkring 35 år takket være hans retorik om sydslavisk broderskab. Samtidigt havde han opbygget en personlig autoritet, som gjorde, at han kunne opbygge forskellige kompromisser mellem de forskellige etniske grupperinger i landet. Efter Titos død i 1980 kunne tabet af lederens autoritet mærkes. Han havde endvidere heller ikke klarlagt, hvorledes ledelsen af landet skulle indrettes, da han ikke selv havde udpeget sin efterfølger. Lederne af delstaterne kunne ikke blive enige om at finde en fælles leder. Som kompromis fik hver delstat ledelsen et år af gangen, det vil sige, der indførtes et roterende præsidentskab.
Dette kompromis viser, hvor splittet nationen var, da ingen af ledelserne i de enkelte delstater var villige til at afgive indflydelse. En af udfordringerne var, at nogle af delstaterne havde en mangfoldig etnisk og religiøs sammensætning, mens andre var relativt ensartet. En anden udfordring var, at der var store interne forskelle i den økonomiske udvikling i delstaterne. Således var de delstater, der lå tættest på Østrig og Ungarn relativt velstående, medens de sydlige stater havde de ringeste forhold. Det jugoslaviske militær havde base i delstaten Serbien, hvilket også betød, at Serbien havde kontrol med de væbnede styrker.
Slutningen af den kolde krig medførte, at Jugoslaviens position i de ikke-allierede landes sammenslutning mistede sin betydning. Endvidere mistede landet også betydning for de vestlige lande. Grunden til at de vestlige lande havde interesse i Jugoslavien stammede tilbage fra konflikten mellem Stalin og Tito, som betød en splittelse i den kommunistiske blok. Dette medførte, at Jugoslavien fik mulighed for at låne penge i de vestlige lande på gunstige vilkår.
Alle disse faktorer førte til, at Slovenien ville forlade Jugoslavien i 1990 – 1991, hvor landet erklærede sig selvstændigt i 1991. Denne erklæring var anledningen til en militær intervention – ledet af Serbien. Krigen blev kort, da den blev afsluttet i 1992 med anerkendelse af Slovenien som selvstændig stat. Landet var relativt uberørt af de efterfølgende krige i den jugoslaviske opløsningsproces.
Modsætningen hertil var Kroatiens løsrivelse, som tog længere tid. Samtidigt opstod der også konflikt imellem Serbien og Bosnien-Hercegovina om statens selvstændighed. Disse krige blev meget voldsomme og kostede mange menneskeliv, blandt andet fordi et element var deciderede etniske udrensninger.
Konflikterne i det forhenværende Jugoslavien skabte også et pres i det internationale system, især i Europa blandt andet grundet i, at det skabte krigsflygtninge, der søgte beskyttelse i de europæiske lande. Efter nogle års krig kom der et internationalt pres for at få standset krigshandlingerne, som bevirkede, at FNs sikkerhedsråd gav mandat til en international intervention under NATO. Dette resulterede i bombardementer af serbiske stillinger i nærheden af Sarajevo, hovedstaden i Bosnien-Hercegovina. De militære operationer førte frem til en fredsaftale indgået i Dayton (USA) i 1995. Indholdet af fredsaftalen var, at Bosnien-Hercegovina blev delt i to etniske enklaver: en bosnisk-muslimsk og en bosnisk-serbisk.
Kosovos status som autonom provins i Serbien var under pres siden Titos død. Det var en permanent konflikt, hvor Serbien forsøgte at øge sin indflydelse og undertrykke det albanske mindretal – blandt andet ved ikke at acceptere brugen af det albanske sprog i undervisning og som myndighedssprog. Fredsaftalen i Dayton havde ikke opmærksomhed på konflikterne i Kosovo. Dette skabte frustrationer i den albanske befolkningsdel, som begyndte at organisere sig og protestere imod Serbien. Dette udviklede sig til terrorkampagner imod serbiske mål, især mod serbisk politi i 1998. Serbien reagerer med indsættelse af deciderede militære styrker året efter. Dette åbnede vestens øjne for konflikten, hvor der forsøgtes at få etableret en fredsaftale, men Serbien accepterede ikke dens præmisser. Serbien anså konflikten for at være en intern konflikt, der ikke vedrørte det internationale samfund. Vesten reagerede ved, at NATO fik mandat til luftbombardementer af Serbien. Angrebet var dog ikke anerkendt af FNs sikkerhedsråd – idet Rusland og Kina nedlagde veto. Rusland så sig selv som Serbiens allierede, blandt andet begrundet i at serberne religiøst tilhørte den ortodokse kristne kirke. NATOs bombardement varede i 78 dage, hvorefter Serbien kapitulerede.